La première église catholique de L’Orignal remonte à 1829. Jugée instable, cette chapelle fut démolie quelques années plus tard. En 1851, le Père Bourassa alors curé de la paroisse, dressa les plans de la nouvelle église et travailla à sa construction jusqu’en 1854. Son successeur, Joseph Bouvier termina les travaux de l’intérieur dix ans plus tard. L’église fut ensuite agrandie en 1885. En 1929, le célèbre T. X. Renaud, artiste peintre et décorateur d’églises bien connu au Québec, en Ontario et aux États-Unis peignit des fresques et décora l’intérieur. L’église de L’Orignal fut alors reconnue comme étant l’une des plus belles églises du diocèse.
La paroisse Saint-Jean-Baptiste fut la troisième paroisse établie en Ontario. Érigée canoniquement en 1901, elle fut consacrée en 1931. L’église possède un orgue Casavant Opus 510 depuis 1910. Quatre prêtres sont enterrés dans sa crypte. La jeune paroisse de L’Orignal fit partie successivement des diocèses de Québec, de Kingston et d’Ottawa.
Depuis 2019, elle fait partie de l’archidiocèse d’Ottawa-Cornwall.